La FCPE 31 est administrée par un conseil d'administration composé au plus de 27 membres élus.
Tous sont des parents bénévoles qui œuvrent au fonctionnement de l’association.
Le conseil d’administration se réunit au minimum une fois par mois en période scolaire.
Il détermine les orientations du conseil départemental et veille à leur application.
Il élit un bureau départemental composé de 7 membres.